Hace algunos años Matt Cuts, un ingeniero de Google, inventó los enlaces nofollow para evitar que los spammers o webs maliciosas consiguieran relevancia desde otras webs con enlaces considerados de spam, como por ejemplo los comentarios de los blogs.
Un enlace con rel=nofolow la función que tiene es no dar relevancia a la web enlazada. Si por ejemplo tienes una web con 10 enlaces salientes y no querias dar relevancia a 5 de ellos, con un enlace nofollow repartias toda la relevancia entre los otros 5 enlaces, los que no tienen nofollow.
Pero todo esto ha cambiado hace relativamente poco, las artimañas de algunos webmasters que utilizaban nofollow para moldear su Pagerank (no enlazan a determinadas partes de su web, etc) ha hecho reaccionar a Google.
Os pongo un ejemplo de lo que hacía antes y hace ahora Google: Si tenías 10 enlaces salientes y 5 de ellos eran nofollow, Google repartía toda la relevancia entre los 5 enlaces sin nofollow. Ahora si tienes 10 enlaces salientes y 5 son nofollow, Google divive la relevancia entre los 10 enlaces y la asigna a los 5 que no tienen nofollow, dejando a los que tienen nofollow sin relevancia pero contandolos para dividirla.